Los objetivos de la A.A.C.R. derivan de los de la A.E.C.R. a la que pertenece. Estos vienen definidos en el artículo 5 de sus estatutos en el que se detalla lo siguiente como objetivos fundamentales:

1. Promover la Ciencia Regional como materia teórica y aplicada al territorio provinente de la confluencia sobre el mismo de disciplinas y campos científicos diferentes que contribuyan a un desarrollo armónico y equilibrado del hombre, medio y territorio.
2. Crear un foro de intercambio de experiencias favoreciendo la investigación y difusión de métodos, técnicas e instrumentos que afecten a la Ciencia Regional.
3. Promover relaciones e intercambios a nivel internacional sobre Ciencia Regional.
4. Impulsar el estudio de la Ciencia Regional en los centros docentes y de investigación.
5. Promover publicaciones, conferencias, y cualquier otra actividad que revierta en una mejora del análisis y las acciones regionales.
6. Colaborar con la Administración Pública, a todos los niveles, para una mejor consecución de los fines de la Asociación y el desarrollo del Estado de las Autonomías.
7. La asistencia técnica a la Administración Pública u otras instituciones, públicas o privadas, así como a la cooperación internacional en el ámbito de sus objetivos.

Una de las principales actividades de la A.E.C.R. es la celebración anual de una Reunión de Estudios Regionales, cuya organización va cubriendo la totalidad del territorio español, con un programa de análisis que se adapta a las necesidades de cada momento y lugar de celebración.

Por otra parte, desde el año 1982 funciona el Centro de Documentación, que dispone de la totalidad de las actas de las Reuniones de Estudios Regionales celebradas hasta el momento, así, como de las diversas reuniones particulares organizadas por las Sedes Territoriales y documentación sobre asociaciones extranjeras respecto a congresos, seminarios y reuniones relacionados con la temática regional.

La A.E.C.R. publica periódicamente un Boletín Informativo que recoge información interna de la asociación, noticias de actividades, publicaciones, novedades y demás aspectos que sean considerados de interés para los asociados, quienes también pueden acceder a toda esta información en un apartado dentro de esta página web.